Endonezya, binlerce yıllık yerli uygarlıkların izlerini taşır ve kültürel çeşitliliği ile dikkat çeker. Bölge, özellikle Java, Sumatra ve Borneo adalarında gelişmiş yerli krallıklar ve ticaret merkezleri ile şekillenmiştir. 16. yüzyılda Portekiz ve Hollanda’nın etkisi ile baharat ticareti ön plana çıkmış, Hollanda Doğu Hindistan Şirketi’nin faaliyetleri kolonizasyon sürecini hızlandırmıştır.