Estonya’nın tarihi, coğrafi konumu nedeniyle farklı kültür ve medeniyetlerin etkisi altında şekillenmiştir. Bölgeye dair bilinen en eski yerleşimler, M.Ö. 9000’li yıllara kadar uzanır ve burada avcı-toplayıcı grupların yaşam sürdüğü arkeolojik buluntularla ortaya konmuştur. Orta Çağ’ın başlarında Estonya, birçok küçük kabile ve beylikten oluşuyordu ve kıyı bölgeleri, Alman, Danimarkalı ve İsveçli tüccarların ilgisini çekmişti.